ну первое и самое важное наверное (потому как оно сразу приходит на ум): разъемы у них разные ! вы хоть кувалдой забивайте видюльку PC-E в AGP разъем нифиха у вас не выйдет !!! можете разгоняться и в стену смело

А почему так сделали?

Ну яж откуда знаю почему так сделали ? Первое, что мне лично приходит на ум это: AGP – устарела, все переходим на PC-E (новое поколение)! Видимо старенькие мамки с AGP не вывозят возможностей PCE , а может просто решили всех в добровольно принудительном порядке заставить поменять внутренности ваших системных боков! Что-то в таком вот духе: Хочешь современный комп? Выкинь все внутренности и затолкай новые! Новые стандарты в мире IT !