Желание новых открытий и впечатлений приводит игроков в раковинообразный мир Atreia, некогда соединенный Aion'ом, The Tower of Eternity (Башней вечности), но теперь расколотый на две половины и миллионы отдельных островков вследствие древнего катаклизма. Искатели приключений приходят сюда в надежде спасти мир, исследовать парящие острова, пустоты и другие удивительные объекты.

Каждую часть расколотого мира населяет одна из двух игровых фракций божественного происхождения — Elyos'ы или Asmodian'цы. Изолированные друг от друга в результате страшного катаклизма, расколовшего Atreia пополам, расы не могут забыть чудовищных событий прошлого и их взаимная ненависть только усиливается.

Много столетий назад отдельные фрагменты разрушенной башни начали загадочно парить в воздухе, а через некоторое время исследователи обнаружили непостоянные порталы или врата, ведущие в неизведанные уголки тьмы и магии, где и парили части Aion'а. В этом таинственном регионе, получившем название Abyss, возвращается давно позабытая способность к полетам. Здесь две расы наконец-то встретились и мгновенно вступили в противоборство.

Открыв новые, более стабильные порталы в Abyss, Elyos'ы и Asmodian'цы выпустили древний ужас, известный им только по легендам: Balaur'ов. Томящиеся после катаклизма в Abyss'е, Balaur'ы — древнейшие враги человеческого рода в Atreia, и именно их непрекращающиеся атаки привели к катастрофическому расколу Aion'а. Теперь они вернулись, поставив под сомнение дальнейшее существование обеих рас.